Högskoleverket tar till storsläggan gentemot utbildningarna i teologi och religionsvetenskap vid flera universitet och fristående högskolor. Av 13 granskade utbildningar vid universiteten är det bara sex som anses hålla tillräcklig kvalitet.
Bland de fristående högskolorna ifrågasätts rätten att utfärda examen för Örebro Teologiska Högskola (Evangeliska Frikyrkan) och för Johannelunds Teologiska Högskola i Uppsala (EFS). Samtidigt avslås nya ansökningar om att få examensrätter för bland andra Pingstförsamlingarnas Teologiska Seminarium och katolska Newmaninstitutet, båda i Uppsala.
Högskoleverket har fullgjort sin granskningsuppgift. Brister i lärarkompetens och forskarmiljöer går säkerligen att rätta till. Men den spänning som lyfts fram mellan akademiskt och praktiskt pastoralt är principiellt mer problematisk för trossamfunden.Redan i processen för att få examensrätten år 2007 har huvudmännen för de fristående högskolorna fått göra en hel del av ansträngningar och anpassningar för att bli godkända. Höjd status på utbildningen och möjligheten att få högskolepoäng har varit viktiga drivkrafter. Likaså statsbidragen och möjligheten för eleverna att få studiemedel. Men nu kommer alltså Högskoleverket med kritik som berör kursernas upplägg och själva syftet med utbildningarna.
Myndigheten pekar på en "sammanblandning av akademiskt och pastoralt" när studenterna vid ÖTH läser om andligt-meditativa tolkningar inom den kristna tron. Vidare på att en del av kursmålen knappast går att uppnå för den som saknar en kristen bekännelse.
Johannelund får kritik för att kräva en skriftlig rekommendation för studenten från en präst/pastor som också avser elevens tro. När pingstförsamlingarnas utbildning nekas examensrätt sägs bland annat: "Utgångspunkten 'att hela Bibeln är Guds ord', samt att tolkningen är beroende av 'den Helige Andes inspiration' är svår att förena med ett akademiskt studium."
För kyrkornas del måste det vara självklart att definiera teologi som kristen tro, och att huvudsyftet är att utbilda människor som kan sprida det kristna evangeliet. Det finns självklart en gräns för hur långt samfunden kan anpassa sig.Frågan är om den gränsen är nådd. Ibland talar man om en "honungsfälla" som lockar med det som är "sött", men där den hugade sedan fastnar och inte kommer loss. Frestelsen finns för trossamfunden att anpassa sig till döds för att få del av sötman.
I fråga om universiteten gäller Högskoleverkets kritik mot teologi- och religionsvetenskapsstudierna bland annat att delar av den pastorala delen av prästutbildningen i praktiken har flyttat in på universiteten. Svenska kyrkans inflytande över universiteten har därmed ökat, enligt myndigheten, trots att tanken var den motsatta när kyrkan skildes från staten. Att skilja teori och praktik åt är nu inte det enklaste i en yrkesutbildning av präster och pastorer. Akademi och församlingsmiljö behöver gå hand i hand.
Jämförelsen kan göras med att utbilda läkare i medicin och läkemedelskunskap, men säga att de absolut inte får sätta sin fot på ett sjukhus eller komma i kontakt med patienterna under handledning.
Likväl som ateisten kan den troende ha ett akademiskt förhållningssätt. Frågan är bara vilka utgångspunkter staten tillåter.