– Det här är ett viktigt ögonblick i vår historia. Vi är ett och vi kommer att fortsätta vara ett, sa presidenten Abd al-Fattah al-Sisi i ett tal.
Öppnandet av den ortodoxa katedralen ses som ett tecken på ökad tolerans mot Egyptens kristna minoritet i det övervägande muslimska landet.
Detta i en tid då muslimska extremister trappar upp sitt våld mot de kristna i landet.
Kristna måste skyddas
Presidenten framhöll i sitt tal att "kärlekens träd som vi planterat här i dag måste skyddas eftersom förföljelsen fortsätter".
Glädjen var märkbar i den koptisk-ortodoxa kyrkan, vars påve Tawadros II välkomnade initiativet:
– I dag ser vi att ni har uppfyllt det här löftet och vi bevittnar ett stort öppnande vid detta högtidliga tillfälle, sa han.
Påven önskade fred
Vid det högtidliga öppnandet medverkade flera ledande politiker och kyrkoledare bland andra palestiniernas president Mahmoud Abbas och Arabförbundets generalsekreterare Ahmed Abul Gheit.
Läs också: Kristna kopter nekas högtidlighålla massaker
Responsen från de kristna i regionen beskrivs som positiv.
– Med stor glädje gratulerar jag alla er till den nya katedralen. Må fredens konung bringa fred och framgång för Egypten, Mellanöstern och hela världen, sa den katolske påven Franciskus.
Samtidigt som katedralen öppnades invigdes också en ny moské, vilket ses som en symbolisk handling för att bygga broar mellan landets kristna och muslimer.
Attacker på landsbygden
Men även om president al-Sisi säger att han arbetar för att förtrycket mot kristna ska minska så har lite gjorts för att skydda kristna på landsbygden, rapporterar timesofisrael.com.
Muslimska extremister attackerar ofta deras hem och försöker få dem att lämna sina bostäder.
Mycket tyder på att de lokala myndigheterna ofta ser mellan fingrarna när sådana angrepp utförs. De kristna säger att de blir motarbetade när de vill bygga kyrkor.
Den jihadistiska extremistgruppen IS har dödat drygt 100 kristna under de senaste två åren.
Kyrkor bevakas mer
Öppnandet av katedralen skedde bara timmar efter det att en polisman dödades när han försökte desarmera en bomb utanför en kyrka i Kairo i lördags.
Och för drygt en vecka sedan träffade en bomb en turistbuss i närheten av Giza-pyramiderna. Tre personer dog och många skadades i dådet.
Läs mer: Dödlig attack mot kristna kopter i Egypten
Sådana händelser kommer att tvinga myndigheterna att skärpa säkerheten kring kyrkor ännu mer. Redan i dag förekommer det att poliser och beväpnade vakter bevakar kyrkor.
Och det blir allt mer vanligt att kyrkor sätter upp metalldetektorer för att förhindra attentat.
Drygt 8 000 personer får plats i katedralen medan den nya moskén rymmer nästan dubbelt så många. Båda ligger i den nya, hittills namnlösa, administrativa huvudstaden 4,5 mil öster om Kairo.