Man skulle kunna läsa debattartikeln i Göteborgs-Posten som ett frontalangrepp på troende människor i allmänhet.
Men Rothstein betonar att han inte hyser några tvivel på att många finner tröst och tillfredsställelse i sin religionsutövning.
"Må var och en bli lycklig på sin tro", skriver han.
Religiösa inslag i skolan
Däremot säger han emot dem som hävdar att religiösa inslag i skolan gör att elever får en högre etisk standard.
Han menar att forskningen visar på det motsatta.
"På samhällsnivå uppvisar länder där människor i hög omfattning praktiserar religion en betydligt högre grad av korruption", skriver han.
Han tycker sig också se ett samband mellan religionsutövning och grad av korruption i olika delar av samma land.
"Det av evangeliska kyrkor starkt präglade södra USA och likaså det mycket katolska södra Italien är tydligt mer drabbade av korruption än ländernas norra delar".
"Även på individnivå"
Han menar att effekterna även syns på individnivå.
"Religiösa personer i USA har större benägenhet att uppvisa rasistiska åsikter", skriver han och hänvisar till en omfattande studie som gjorts bland barn som vuxit upp i religiösa miljöer.
Dessa har sedan jämförts med barn som vuxit upp i sekulära miljöer.
"De förra har en större sannolikhet att som vuxna omfatta normer som auktoritetstro, intolerans, nationalism och hämndlystnad".
Mot bakgrund av detta tycker han att religiösa friskolor inte alls är önskvärda i det svenska samhället.
"Står inte över grundlagen"
Han kritiserar också dem som hänvisar till Europakonventionen när de försvarar konfessionella friskolor.
I Europakonventionens tillägg står nämligen att föräldrar har rätt att ge sina barn den undervisning som stämmer överens med föräldrarnas religiösa och filosofiska övertygelse.
Men Rothstein menar att den svenska grundlagens krav på opartiskhet och saklighet står över Europakonventionen.
"Motivet för att driva en skola på religiös grund är naturligtvis att framhålla just denna religions företräden framför andra...", skriver han och avslutar:
"Därför kan vi inte ta Europakonventionen som intäkt för att vi ska acceptera religiösa friskolor i Sverige".
Läs mer: Starka läsarreaktioner mot statsvetarprofessorn
Läs även | Innerlighet och ytlighet